Située dans les Monts de Gy à 25 km de Besançon et à une altitude d’environ 300 m, la réserve naturelle du vallon de Fontenelay fait figure d’exception dans le paysage haut-saônois. Composé de pelouses marneuses et de bas-marais qui rappellent les tourbières du Haut-Jura, ce site de 42 ha est unique dans le département.

Au milieu de cette mosaïque de forêts de feuillus, de pelouses sèches et de mares cohabitent plus de 1000 espèces végétales et animales, dont une vingtaine d’orchidées rares, mais aussi des espèces menacées de disparition.

Enfin, le ruisseau des Merles fait partie des cours d’eau de tête de bassin encore bien préservés. Il accueille des espèces particulièrement sensibles à la pollution et inféodées à des eaux fraîches et oxygénées, comme l’écrevisse à pattes blanches, le chabot, la salamandre tachetée ou encore le sonneur à ventre jaune.